使用农作物野生亲缘植物来改良农作物比使用其他栽培变种更为困难。 虽然农作物野生亲缘植物与栽培农作物具有亲缘关系，它们的亲缘关系并非那么近。在大部分情况下，它们是完全不同的物种。相比与属于同一物种的植物，属于不同物种的植物要想交配产生可存活的后代则更加困难。想想骡子您就知道了。此外，除了拥有目的性状，农作物野生亲缘植物还拥有许多不良性状，这些不良性状必须在育种过程中被除去。
例如，育种者将Oryza nivara与三种栽培水稻变种进行杂交，得到了具有草矮病毒抗性的后代。他们还额外将第一代的杂交子代与栽培亲本进行了三次杂交，才得到与栽培亲本具有相同产量的抗性变种。[i] 该育种工作带来了第一批草矮病毒抗性变种的发行： IR28、IR29和 IR30。[ii] 到了1988年，拥有野生抗性基因的水稻变种在逾30个国家的超过3000万公顷的田地中得到种植，造福了千百万的人类。[iii]，[iv]
