Utilizar los PSC para mejorar los cultivos es más difícil que utilizar otras variedades cultivadas. Aunque los PSC son parientes de los cultivos domesticados, no están tan estrechamente emparentados. En la mayoría de los casos son especies completamente distintas. Las plantas de distinta especie son más difíciles de emparejar de forma que den lugar a una progenie viable que las plantas de la misma especie. Ocurre como con las mulas. Por otro lado, tienen muchos rasgos indeseados junto con los pocos que sí son deseados, por lo que hay que eliminarlos durante el proceso de mejora.
Por ejemplo, se cruzó Oryza nivara con tres variedades de arroz domesticado para obtener una progenie resistente al virus del enanismo. Los obtentores tuvieron que cruzar esta primera generación con el progenitor domesticado otras tres veces para obtener variedades resistentes que dieran tanta productividad como la variedad de arroz cultivado original.[i] Estos procedimientos de mejora dieron lugar a la divulgación de las primeras variedades resistentes al virus del enanismo: IR28, IR29 e IR30.[ii] En 1988 ya se habían cultivado variedades de arroz con el gen silvestre de resistencia en más de 30 millones de hectáreas de más de 30 países, lo que benefició a millones de personas.[iii],[iv]
