Sobald die Crop Wild Relatives eingesammelt sind, hat die korrekte Lagerung ex situ oberste Priorität, um die Verfügbarkeit für Züchtungen sicherzustellen und dem Aussterben der genetischen Vielfalt im echten Lebensraum vorzubeugen. Alle im Rahmen dieses Projekts gesammelten CWRs werden in nationalen Sammlungen im Herkunftsland, der Millennium Seed Bank, der geeigneten internationalen CGIAR-Sammlung und im Svalbard Global Seed Vault auf Spitzbergen eingelagert.
Nach dem Sammeln der Saatgutproben des Projekts werden diese gereinigt, getrocknet und in der nationalen Genbank des Ursprungslandes gelagert, während ein Teil der Proben in der Millennium Seed Bank als Backup gelagert werden und für Pre-Breeding-Programme, weitere Genbanken und andere Nutzer zugänglich gemacht werden. Die Herkunftsdaten und Verfügbarkeit sind auf Genesys stets aktuell abrufbar. Bei diesem Prozess werden Keimungsprotokolle angefertigt (falls nicht vorhanden) und via Seed Information Database von Kew öffentlich zugänglich gemacht.
Nach der sicheren Konservierung in den Genbanken werden die CWR-Samen langfristig bei -20 °C gelagert, von wo sie zur Züchtung und zum Austausch mit anderen Genbanken zu Regenerierungs- und Vermehrungsprozessen zur Verfügung stehen. Bis 2015 wurden über 100 neue Samensammlungen aus Crop Wild Relatives zu den internationalen Genbanksammlungen hinzugefügt, wobei das Ziel des Projekts ist, mehrere tausend Samensammlungen zu CWR-Lagern auf der ganzen Welt hinzuzufügen.
