Mer enn en femtedel av planteartene over hele verden, trues med utryddelse.[i] Husdyrbeite har redusert noen plantepopulasjoner i betydelig grad, mens andre kveles av utenlandsk ugress. Urbanisering og intensifiseringen av landbruk har også ødelagt populasjoner av mange plantearter, samtidig som at habitatet deres også begrenses. I dag står CWR overfor slike trusler, i minst like stor grad som andre planter.
Noen viktige arter av ville slektninger av avlinger har ekstremt begrensede områder. Den ville slektningen av mais, for eksempel, Zea nicaraguensis, er begrenset til ett enkelt beskyttet område i Nicaragua, mens den ville solsikkearten Helianthus paradoxus finnes i bare seks små populasjoner i Texas, Utah og New Mexico i USA.
Klimaendring er også en trussel: Ca. 16-22 % av peanøtt-, potet- og cowpea-CWR antas å være utdødd innen 2055,[ii] idet endrende miljøforhold antas til å redusere det potensielle habitatet til mange ville slektninger av mais i alvorlig grad.[iii]
